L'Acropoli, denominata il Castello, costituisce ancora oggi il punto focale del centro storico. Entro il perimetro delle mura posero le loro sedi le popolazioni del neolitico, quelle della prima età dei metalli, dell'età del bronzo e dell'età ellenistica, come dimostrano i ritrovamenti archeologici.

Il castello che oggi vediamo è essenzialmente quello fatto costruire dagli Spagnoli nel Cinquecento dopo la spaventosa distruzione dovuta dal pirata musulmano Barbarossa del 1544, e ingloba i resti di fortificazioni medievali e greche del IV secolo a.C.
Tratti delle mura medioevali sono ancora visibili, come è visibile una torre greca risalente al quarto secolo. Al Castello si accede dalla Piazza Mazzini in fondo a via Garibaldi. Particolarmente fascinosa è la porta normanna.

Nella cittadella si trovano: la Chiesa sconsacrata di S. Caterina, una zona archeologica, la Chiesa dell’Addolorata con una bella abside ricca di altari lignei, stucchi dorati in stile barocco ed una tela del '600 raffigurante la Crocifissione, la Chiesa dell’Immacolata, la Cattedrale di S. Bartolomeo, patrono delle Eolie, fatta costruire dal normanno Ruggero I, il parco archeologico, il teatro, la Chiesa della Madonna delle Grazie chiusa al culto, che raccoglie pregiati affreschi di Alessio Cotrone (1708), e il Museo Archeologico Eoliano, che ha sede nell’antico palazzo dei vescovi, con padiglioni dedicati alla preistoria di Lipari, alla preistoria delle isole minori, alla Vulcanologia, all’antichità classica e all’archeologia sottomarina.