Non è possibile individuare un’unica zona archeologica sull’isola di Salina, poiché gli scavi effettuati qui nel corso degli anni hanno restituito materiale archeologico proveniente da più centri. In generale, la zona archeologica dell’isola di Salina comprende l’attuale cittadella di Santa Marina, il promontorio di Capo Graminazzo e il lato orientale dell’isola, in prossimità del centro di Rinella.

In seguito agli scavi effettuati in passato, è stato possibile appurare che anche l’isola di Salina ha avuto notevole importanza sin dal Neolitico. Gli eccezionali resti, infatti, di una capanna riferibile alla cultura di Castellaro Vecchio di Lipari sono stati ritrovati insieme a frammenti ceramici in località Rinella. Per l’età del Bronzo sono stati identificati due insediamenti sulla costa orientale, il primo sulla Serra dei Cianfi, fiorito nell’età di Capo Graziano (fra il XIX e il XV sec. a. C.) e agli inizi della successiva età del Milazzese (dopo il 1400 a. C.), il secondo, sulla strada Santa Marina-Malfa, fiorito nell’età del Milazzese, ma violentemente distrutto forse intorno al 1270 a. C.

Tra i centri dell’isola, è soprattutto l’attuale cittadina di Santa Marina ad essere stata oggetto di interesse da parte degli archeologi: qui, infatti, è stato rinvenuto un abitato greco del IV sec. a. C. durato fino all’età imperiale. I resti di età romana sono sepolti a grande profondità e irraggiungibili sotto le case. Soltanto sul lungomare, grazie all'erosione marina, sono stati osservati cospicui resti di abitazioni di quella epoca.
A Nord venne ritrovata una necropoli di età tardo-imperiale. Nella stessa zona è stata scoperta una quantità di tegole piane ed elementi tubolari tipici degli impianti termali in un contesto che lasciava pensare non alla distruzione di un edificio, ma ad un deposito di materiale edilizio, destinato alla costruzione di terme nell'isola e travolto da qualche evento atmosferico improvviso.
La documentazione archeologica di questo abitato può datarsi nel complesso al tardo Impero grazie alle monete (ed in particolare ad un gruppo di bronzi emessi da Costantino a Teodosio II) rinvenute durante i lavori di costruzione della banchina portuale.