Il paese è situato sul mare ai piedi del monte Fossa delle Felci, a metà di un’ampia baia. Santa Marina è il centro commerciale dell’isola: la quasi totalità delle merci e degli auto-mezzi che giungono sull’isola sbarcano nel suo porto, pur esistendo attracchi anche a Malfa e a Rinella. Da qui parte la carrozzabile per Lingua, in direzione sud, e per Malfa-Leni-Rinella in direzione nord.