Lipari alterna paesaggi molto diversi, come le aride praterie a graminacee della parte occidentale e le zone di macchia alta mediterranea, nell'area compresa fra Monte Chirica e Monte Sant'Angelo.
Le prime sono caratterizzate dall'abbondante presenza di palma nana (Chamaerops humilis) e dalla fioritura primaverile di numerose specie di orchidee; le seconde da una ricca flora caratteristica degli ambienti collinari freschi della Sicilia, dove prevalgono il corbezzolo, l'erica, il frassino e le felci aquiline.

La fauna comprende alcuni interessanti endemismi, fra i quali urla sottospecie di topo quercino esclusiva dell'isola (Eliomys quercinus liparensis) e numerose specie di insetti.
Tra gli uccelli rapaci stanziali, sono abbastanza frequenti la poiana (Buteo buteo) e il gheppio (Falco tinnunculus); notevole la presenza del corvo imperiale (Corvus cl le cui popolazioni raggiungono densità veramente straordinarie a Lipari e nelle altre isole dell'arcipelago.
Sulle coste occidentali e negli isolotti circostanti, durante i mesi primaverili, nidificano invece alcune colonie di gabbiano reale mediterraneo (Larus cachinnans).